Tuy nhiên, cùng với sự phát triển nhanh của ngành cá tra, nuôi bè bộc lộ nhiều hạn chế:
• Khó kiểm soát môi trường nước
• Dễ chịu tác động ô nhiễm, dịch bệnh
• Phụ thuộc mạnh vào thủy văn và mùa lũ
• Không đáp ứng yêu cầu truy xuất nguồn gốc khi xuất khẩu
Từ đầu những năm 2000, ngành cá tra bắt đầu một bước ngoặt lớn: chuyển mạnh từ nuôi bè sang nuôi ao đất.
Theo định hướng và đánh giá của Tổng cục Thủy sản, nuôi ao giúp:
• Chủ động hoàn toàn nguồn nước cấp – thoát
• Kiểm soát tốt chất lượng môi trường, dịch bệnh
• Áp dụng kỹ thuật thâm canh, nâng cao năng suất
• Đáp ứng các tiêu chuẩn VietGAP, GlobalG.A.P, ASC
• Phù hợp với mô hình nuôi quy mô lớn – liên kết chuỗi – phát triển bền vững
Hiện nay, nghề nuôi cá tra tại Đồng bằng sông Cửu Long đã từng bước trở thành ngành sản xuất công nghiệp hiện đại, gắn chặt với nhà máy chế biến và thị trường xuất khẩu toàn cầu.